Nouvelle étape de la pandémie : la souche dangereuse "Delta"

2024 Auteur: Seth Attwood | [email protected]. Dernière modifié: 2023-12-16 16:04

La nouvelle souche indienne covid-19, déjà nommée par les scientifiques « Delta », a engendré la troisième vague de la pandémie dans de nombreux pays. A New Delhi même, la situation est tout simplement catastrophique - 30 000 cas par jour. Les instituts ont commencé à étudier le "Delta" et ont immédiatement tiré la sonnette d'alarme.

La nouvelle souche s'est avérée non seulement plus infectieuse, mais aussi moins vulnérable aux anticorps. Cela signifie qu'il peut résister avec succès aux "contre-attaques" que notre système immunitaire mènera contre lui.

Lorsque la variante du coronavirus, désormais surnommée "Delta", est apparue pour la première fois dans l'État indien du Maharashtra en décembre 2020, cela ne semblait rien de spécial. Mais lorsqu'il a frappé New Delhi quelques mois plus tard, les conséquences ont été des plus dévastatrices, avec près de 30 000 cas par jour fin avril. "Soudain, il a commencé à dominer et a complètement écrasé la souche Alpha, qui était jusque-là la plus répandue dans la ville", explique Anurag Agrawal, directeur de l'Institut de génome et de biologie intégrative de New Delhi.

New Delhi semblait peu susceptible de faire face à une autre épidémie majeure, a déclaré Agrawal, car bon nombre de ses résidents étaient malades ou vaccinés. Mais il s'est avéré que ces moyens de défense contre Delta sont impuissants. Il est plus contagieux et échappe au système immunitaire, dit-il: « Le mur de trois mètres autour de la ville semble s'être transformé en un mur d'un demi-mètre, sur lequel il n'est pas difficile d'enjamber.

Depuis New Delhi, la souche s'est propagée rapidement et semble maintenant balayer le monde avec une nouvelle vague dévastatrice. Au Royaume-Uni, Delta représente déjà plus de 90 % des nouveaux cas: cela a fait bondir à nouveau le nombre de cas de coronavirus après une forte baisse, et la semaine dernière le gouvernement a même dû reporter la phase finale de son plan d'ouverture des frontières. L'éclosion du delta à Lisbonne a contraint le gouvernement portugais à imposer une interdiction de voyager de trois jours entre la capitale et le reste du pays.

D'ici la fin août, cette option représentera jusqu'à 90 % de tous les cas de coronavirus dans l'Union européenne, a averti aujourd'hui la directrice du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, Andrea Ammon. "Il est très probable que la souche Delta se propage largement au cours de l'été, en particulier chez les jeunes qui ne font pas partie du programme de vaccination", a-t-elle déclaré. "Cela pourrait exposer les citoyens les plus vulnérables au risque de tomber gravement malades ou même de mourir. s'ils ne sont pas complètement vaccinés.

Les courses Delta ont été enregistrées en Russie, en Indonésie et dans de nombreux autres pays. Aux États-Unis, où la prévalence de la souche est estimée à au moins 14%, le CDC a déclaré le 15 juin qu'elle était "la plus préoccupante".

La recrudescence a déclenché une série d'études pour comprendre pourquoi Delta se propage beaucoup plus rapidement que les trois autres variantes inquiétantes, s'il est autrement plus dangereux, et comment son ensemble unique de mutations qui provoquent des changements dans l'environnement protéique peut causer de graves dommages. L'arrivée de Delta a mis en évidence que le virus SARS-CoV-2 peut s'adapter et évoluer au cours des prochains mois et années.

À l'heure actuelle, Delta représente une menace particulière pour les pays les plus pauvres, dont l'accès aux vaccins est limité ou totalement absent, explique Sumya Shwaminathan, conseiller scientifique en chef de l'Organisation mondiale de la santé. « Ce qui m'inquiète le plus, c'est ce qui se passera lorsque Delta arrivera en Afrique », dit-elle.

Une étude de Public Health England a mis en évidence le potentiel de prolifération de Delta. Par rapport à Alpha, qui a été lancé au Royaume-Uni en 2020, « nous avons 50 % ou 100 % de transmissions en plus », explique Adam Kucharski, développeur de modèles à la London School of Hygiene and Tropical Medicine.

Mais Kuharsky dit également que la diminution de la protection contre les vaccins pourrait avoir affecté. Les vaccins Pfizer-BioNTech et AstraZeneca offrent une protection légèrement inférieure contre les infections symptomatiques avec la nouvelle variante que pour la souche Alpha, d'après les données de l'Angleterre et de l'Écosse. Les personnes n'ayant qu'un seul coup sont particulièrement vulnérables, comme beaucoup au Royaume-Uni. (Deux doses de n'importe quel vaccin fourniront toujours le même niveau élevé de protection contre l'hospitalisation, même contre Delta.) On ne sait pas à quel point les autres vaccins utilisés dans le monde protègent bien, et il y a peu de preuves de protection chez ceux qui se sont remis des vagues précédentes de coronavirus.

Ces deux effets – transmission accrue et évasion immunitaire – sont difficiles à séparer, mais le chef du Wellcome Trust, Jeremy Farrar, pense que la transmission est derrière le saut Delta, pas le contournement de l'immunité. « Si Alpha est environ 50 % plus transmissible que la souche naturelle, et Delta 50 % supplémentaire, alors nous parlons d'un virus deux fois plus transmissible que la souche d'origine », explique un virologue évolutionniste de l'Université d'Oxford Aris Katzourakis.

Cela signifie que les pays et les populations à faible taux de vaccination pourraient faire face à de nouvelles flambées importantes. "Si la propagation plus rapide est entièrement due aux fondements du virus, alors c'est une nouvelle désastreuse pour le reste du monde", a déclaré Kuharski.

En plus de cela, Delta est plus susceptible d'envoyer des citoyens non vaccinés à l'hôpital qu'Alpha. Les premières données du Royaume-Uni suggèrent que le risque d'hospitalisation pourrait être deux fois plus élevé. Prises ensemble, ces caractéristiques pourraient causer d'énormes problèmes en Afrique, a déclaré Schwaminathan. « Il n'y aura pas d'oxygène, il n'y aura pas assez de lits d'hôpitaux. Et nous savons déjà que les résultats des hôpitaux en Afrique sont pires que dans d'autres pays, dit-elle. « Cela peut donc vraiment conduire à des taux de mortalité plus élevés, même chez les jeunes. »

Les mutations interfèrent avec les anticorps

Les scientifiques commencent tout juste à comprendre pourquoi Delta est si dangereux. Ils se sont concentrés sur un ensemble de neuf mutations dans un gène qui code pour une protéine de pointe qui sonde la surface et permet au virus de pénétrer dans les cellules humaines. Une mutation importante, baptisée P681R, modifie un acide aminé juste à côté du site de clivage de la furine où une enzyme humaine clive la protéine – une étape clé qui permet au virus de pénétrer dans les cellules humaines.

Dans la souche Alpha, cette mutation a rendu le clivage plus efficace. Selon une publication préliminaire fin mai, les mutations Delta facilitent encore plus la décomposition de la furine. Les chercheurs pensent que cela pourrait également augmenter la transmissibilité du virus.

Cependant, des chercheurs japonais qui ont créé des pseudovirus porteurs de la même mutation n'ont pas confirmé l'infectiosité accrue dans des conditions de laboratoire, et en Inde, d'autres variantes du coronavirus avec la même mutation se sont avérées beaucoup moins infectieuses que Delta, selon un virologue évolutionniste de l'Université. d'Edimbourg, Andrew Rambaut). "Il doit donc y avoir une interaction avec quelque chose d'autre dans le génome."

D'autres mutations Delta peuvent contribuer à affaiblir l'immunité. Certains d'entre eux modifient le domaine N-terminal de la colonne vertébrale (NTD) qui dépasse de la surface de la protéine. Dans un article récent de la revue Cell, il a été révélé que l'un des spots NTD, surnommé "super-site", cible invariablement les anticorps neutralisants "super puissants" des patients guéris. Les mutations Delta uniques éliminent les acides aminés aux positions 156 et 157 de la "superfréquence" et changent l'acide aminé 158 de l'arginine à la glycine - cette dernière éliminant le point de contact direct pour la liaison des anticorps, explique le biologiste structural de l'Université de Floride David Ostrov.

"Nous pensons que la mutation 157/158 est l'une des mutations Delta distinctives qui a donné à la souche ce phénotype d'évasion immunitaire", convient Trevor Bedford, biologiste informatique au Fred Hutchinson Cancer Research Center.

Une autre mutation dans la super-région NTD peut également combattre les anticorps. Et les scientifiques devraient commencer à étudier le rôle des changements dans d'autres protéines Delta, déclare Nevan Krogan, biologiste moléculaire à l'Université de Californie à San Francisco. « Il y a beaucoup de choses que nous ne savons pas sur ces options à tous les niveaux. Nous semblons errer dans le noir. » Par exemple, "Delta" présente plusieurs mutations dans la protéine de la nucléocapside, qui remplit de nombreuses fonctions "comme un couteau suisse", explique le virologue David Bauer du Francis Crick Institute. Cependant, il faudra des mois pour expérimenter pour clarifier.

Vaccination accélérée

Pendant ce temps, les scientifiques sont d'accord: une action urgente est nécessaire pour arrêter la propagation de la nouvelle variante. "Les préoccupations de Delta devraient nous motiver à vraiment accélérer la vaccination et augmenter la disponibilité des vaccins dans le domaine où Delta gagne du terrain", a déclaré la virologue Angela Rasmussen de l'Université de la Saskatchewan. Le président américain Joe Biden a appelé les Américains à se faire vacciner complètement pour se protéger de Delta. Ammon a appelé aujourd'hui les pays européens à accélérer les plans de vaccination complète des populations vulnérables.

De plus, a-t-elle dit, il est nécessaire de maintenir les restrictions afin que la nouvelle option ne se propage pas et n'entraîne une nouvelle flambée de la morbidité, des hospitalisations et des décès. Les pays ayant un accès limité aux vaccins doivent revenir à des mesures telles que la distanciation physique et les masques, a déclaré Rasmussen. Et en Europe, Ammon a exhorté les pays à faire les deux: maintenir les restrictions tout en s'efforçant de vacciner complètement les populations vulnérables.

L'objectif n'est pas seulement de sauver des vies, mais d'empêcher le développement du virus. La propagation de Delta a montré que les scientifiques sont incapables de reconnaître de nouvelles variantes dangereuses à temps pour arrêter leur propagation, explique Emma Hodcroft, virologue à l'Université de Bâle, malgré des efforts mondiaux sans précédent pour suivre leur évolution en temps réel. Il serait dangereux de supposer que le SARS-CoV-2 s'arrêterait là, a déclaré Katsurakis. « Tout ce qui s'est produit dans l'évolution au moins deux fois est déjà un modèle », dit-il. "Je ne serais pas surpris si nous voyions des changements similaires au cours des deux prochaines années."